Stéphanie Fontaine est membre du collectif de journalistes indépendants Extra Muros.
En septembre 2013, Stéphanie Fontaine révèle dans Mediapart que le préfet Jean-Jacques Debacq, directeur de l’Agence nationale de traitement automatisé des infractions (Antai) fait payer par son administration ses contraventions routières.
En janvier 2018, elle reçoit le prix éthique Anticor de la vérité sur le business des contrôles routiers pour son travail sur le projet de privatisation des radars mobiles et sur l’affaire des radars automatiques.