Martin Pigeon est militant-chercheur depuis 2008 au Corporate Europe Observatory (CEO), une association basée à Bruxelles qui réalise des enquêtes sur le lobbying européen des grandes entreprises, et les conséquences de celui-ci.
CEO fait aussi du plaidoyer pour limiter le pouvoir d’influence des multinationales sur les décisions publiques, et proposer des alternatives politiques d’intérêt général.
Il a publié en particulier les livres « Remunicipalisation: putting water back into public hands » (2012) sur la reprise en gestion publique de divers services municipaux d’eau potable dans le monde, « La Montée des Eaux » (2009 – traduction en français d’une enquête du journaliste Charles C. Mann sur la gestion privée de l’eau potable par des groupes comme Veolia), les rapports « Unhappy Meal » (2013) et « Recruitment Errors » (2017) sur les conflits d’intérêts des experts de l’Autorité Européenne de Sécurité des Aliments, leurs causes et comment mieux les prévenir, « Towards legalised corporate secrecy in the EU? » (2015), une enquête sur le lobbying ayant mené à la Directive sur la Protection des Secrets d’Affaires, « In the Name of Innovation » (2020), sur d’importants partenariats public-privé de recherche entre la Commission Européenne et les industries du médicament et de la biomasse, et de nombreuses enquêtes, en particulier sur le lobbying des industriels des pesticides.